Fonden er et uafhængigt organ inden for den statslige forvaltning og er reguleret af lov om Danmarks Innovationsfond.
Danmarks Innovationsfond har til formål at give tilskud, der understøtter en sammenhængende forsknings- og innovationsindsats fra grundlagsskabende forskning til markedsnær udvikling og innovation, som både på kort og lang sigt samlet bidrager til at øge antallet af innovative virksomheder, private virksomheders investeringer i forskning og udvikling og antallet af højtuddannede medarbejdere i virksomheder.
Fondens udmøntning af tilskud understøtter samtidig koblingen mellem forskning af høj kvalitet og innovation, herunder samarbejde om forskning, teknologiudvikling og innovation mellem videninstitutioner og virksomheder, udvikling af løsninger på samfundsudfordringer til gavn for det private erhvervsliv og den offentlige sektor. Fonden understøtter også opbygning af langsigtet forsknings- og innovationskapacitet, herunder talentudvikling, dansk deltagelse i internationalt samarbejde om forskning, teknologiudvikling og innovation på baggrund af en strategisk tilgang med fokus på de politisk prioriterede samfundsudfordringer og danske forsknings- og innovationsmiljøers kompetencer og interesser. Endvidere understøtter fonden videnbaseret iværksætteri samt modning af lovende forskningsresultater og opfindelser med henblik på hurtigere formidling, anvendelse og kommercialisering af viden.
Fonden ledes af en bestyrelse, der består af en formand og otte medlemmer, der alle er udpeget af uddannelses- og forskningsministeren i deres personlige egenskab. Et flertal af bestyrelsesmedlemmerne, herunder formanden, skal have erfaringer fra det private erhvervsliv. Samtidig skal et flertal af medlemmerne være enten anerkendte forskere eller forskningskyndige. Bestyrelsesmedlemmerne udpeges for en treårig periode med mulighed for genudpegning én gang.
